はじめまして。
すでに解決したかもしれませんが、
鳥の種類で多少の好みがあります。

巣箱の上も有効スペースにしたい場合は
巣箱の上も空けておくのも良いかもしれません。
一番上でも、床に置いても繁殖する場合もあります。

巣箱を設置しても繁殖行動に移らない場合などは、違う場所に移動してみるなどしてみてください。