情報が少なすぎてできる話も少ないのですが
まず診て頂いたのが鳥の勉強をした獣医さんではないのではありませんか。
「突然特定のものを食べなくなった」子に対して糞から菌の検査はあんまり意味がないですよね。
レントゲンやCＴ等の画像検査、血液検査のできる先生に診て頂いた方が良いと思います。
長い鳥生の中で数日ヒマ種だけ食べてても大きな問題にはなりませんから、まずちゃんとした鳥病院に予約をし、検査までは体を維持するためにとりあえずウロコちゃんが食べてくれるものをあげましょう。（鳥に毒性が無い範囲で）
本当に内臓や舌も痛めていなくて、ただの好みでヒマ種しか食べないと確定したのであれば、ゆっくり少しずつペレットに戻していけば良いと思います。